明代成化年间，朝纲掉利，奸邪当道。西厂东厂为太监独霸，搅浑视听，谗谄忠良，朝野内外缄默沉静寡言。时有赵怀安(聂远 饰)（李连杰 饰）等亡命剑客挺身而出，接连根除东厂数名奸佞，致令阉贼惶惑不安。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田(毛俊杰 饰)（陈坤 饰）出头干涉。另一方面，宫女素慧收留（范晓萱 饰）怀怀孕孕，尽命奔逃。被雨化田的虎伥追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一起辗转逃往关外，来到已经引发过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之地点。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队一触即发，环节时刻更有与雨化田长相极为相似的卜仓船（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。 各方势力云集于此，新的正邪之战行将展开，更有天大的奥秘行将揭开……
